修学旅行に出かけるため、クラスメイトたちといっしょに特急列車に乗ったあんなとみくる。実行委員長のゆみは、宿泊先の食事や温泉について下調べを重ね、びっしりと旅行のしおりに書き込んでいました。しかし、あやしげな車内販売員が通りかかって目を離した瞬間、大切なしおりがなくなってしまいます。
あんなとみくるが車内販売員を追いかけると、その正体はゴウエモンでした。しおりにマコトジュエルが宿っているため、ゴウエモンが盗んだのです。次の停車駅までは30分あり、その間に列車の中でしおりを取り返さなくてはいけません。ゴウエモンは「列車の中で逃げ切ればいい」と笑い、以前まことみらい学園で披露したからくり迷路を発動させ、「迷宮トレイン」へとふたりを招き入れます。
ゴウエモンが最初に繰り出した切符の謎解きをクリアし、迷宮トレインに乗り込むあんなとみくる。最初に踏み入れた食堂車では乗客の料理が消えた事件を解決し、続く車両では盗まれた懐中時計の犯人を見つけ出しました。ようやくゴウエモンに追いつくと、桜吹雪とともに再び姿を消してしまいますが、ふたりはプリキットミラールーペを使って足跡をたどり、列車の屋根の上に隠れていたゴウエモンを追い詰めます。
盗んだしおりでハンニンダーを出現させるゴウエモン。列車の屋根の上で思うように動けないアンサーとミスティックでしたが、トンネルを通過した後に隙を見せたタイミングを狙って、ハンニンダーを浄化します。
迷宮トレインはもとの特急列車にもどり、あんなとみくるは取りもどしたしおりをゆみに返します。無事に目的地に到着したあんなとみくるは、クラスメイトたちとお城や豪華な夕食、天然温泉と、最高の修学旅行を思いっきり楽しむのでした。