キュアット探偵事務所の研究室では、エクレールの記憶をよみがえらせるため、ジェット先輩がユリの香りを抽出した香水を作り始めます。そんな中、学園では「7の月の大王」の都市伝説に加え、「理科室のガイコツが動く」「音楽室のピアノが鳴る」「美術室の絵が涙を流す」といった怪事件の噂が広まっていました。理事長から調査を頼まれたあんなとみくるは、れいとともに校内の調査に向かいます。
理科室と音楽室を調べ歩き、手がかりは得られなかったものの、何か違和感をおぼえるれい。続く美術室では、石膏像やキャンバスの位置が変わっていることに気づきます。3人で推理を重ねると、学園内で誰かが何かを探していたことを見抜きました。あんなとみくるがプリキットミラールーペを使ってあたりを調べてみると、下駄や厚底ブーツ、ヒールブーツの足跡が見つかり、学校に忍び込んでいたのは怪盗団ファントムだったことがわかりました。
この学校が大事にしているもの、と考え、学校の象徴である校門の鍵にマコトジュエルが宿っていると思ったあんなたちは、理事長のもとに駆けつけ、鍵を預かります。そこにるるかを含む怪盗団ファントムがあらわれ、鍵を渡すようにせまってきました。ポチタンが鍵を持って飛び去り、れいがその後を追いかけていくのを見て、あんなとみくるは変身し、アルカナ・シャドウたちに立ち向かいます。
アンサーがアルカナ・シャドウを引き受け、ミスティックはれいとポチタンを守るため、ニジー、アゲセーヌ、ゴウエモンを追いかけます。裏庭でれいとポチタンを見つけたニジーは鍵をうばい、ハンニンダーへと変化させますが、ミスティックの活躍でハンニンダーは浄化され、鍵は無事にれいの手にもどってきました。
その夜、事務所の研究室では香水が完成に近づいていました。あんなとみくるは、エリザ、しるく、くれあ、そしてれいの言葉を思い出しながら、エクレールの正体に考えをめぐらせるのでした。