「このままでは島がなくなってしまうかもしれません！」と助けを求める手紙が届き、あんなとみくるは船に乗って慈英島（じえいとう）という島に向かいます。
到着したふたりは、村長から「妖精があらわれると島が消えてしまう」という言い伝えが残っていることを聞かされます。ここ数日に起きた事件は、島に古くから伝わる唄の内容をなぞらえたもので、唄は「まんじゅう消えたら／時計の針が動き出す／とうとう島も消えちゃった」と続いていました。
唄の秘密を解き明かそうとしたあんなとみくるは、島で100年以上生きているという亀からプリキットグミを使って話を聞きますが、島の名前が「饅頭島（まんじゅうじま）」から「慈英島」になった以外、変わったことは起きていないと言われます。そんな中、村長の家で、孫娘たちのおやつのまんじゅうがなくなる事件が起きました。
蔵に残された小さな足跡と手形から、イタズラの犯人が村長の孫娘・秋であることを見抜いたあんなとみくる。秋は、壊れてしまった妹・小春の腕時計を直したい一心で「時計の針が動き出す」という唄をなぞるようにイタズラを重ねていたのでした。
事情を知ったあんなとみくるは「妖精がいるのはウソじゃないよ」と秋をやさしくはげましますが、そこにニジーがあらわれ、マコトジュエルが宿った腕時計をうばいさってしまいました。追いかけるふたりは変身し、ニジーが繰り出した腕時計型のハンニンダーに立ち向かいます。
アンサーは、落ちていた海藻でハンニンダーの動きを封じ、浄化に成功します。ふたりが腕時計を取りもどすと、ちょうど自作の船でジェット先輩が島に到着しました。ジェット先輩が腕時計をあっという間に修理してくれたあと、あんなたちは慈英島が「ジェット」に似ていることに気づき、かつて島にあらわれた妖精がジェット先輩だったことを知ります。
秋と小春に見送られ、島から帰ろうとするあんなたちでしたが、そこでジェット先輩がカモメにおどろいて妖精の姿に戻ってしまいます。「しー」とウインクするあんなとみくるを前に、秋と小春は「妖精は本当にいる」という秘密を胸にしまいながらほほえむのでした。