人間に見られてはならない妖怪パーティーの現場に人間を手引きした罪で、鬼太郎が妖怪警察に捕まった。無実だから大丈夫だと余裕の鬼太郎だったが、これこそ裏で糸を引く妖怪・百々爺の罠だったのだ。裁判の結果、鬼太郎は五百年間封印の重刑となってしまう。隙を見て鬼太郎は逃げ出すが、代わりに目玉の親父が捕まってしまった。そして全ては妖怪の頂点に立とうと考えた百々爺の企みだと知り、鬼太郎ファミリーの逆襲が始まる！