近界（ネイバーフッド）最大級の軍事国家アフトクラトルの従属国・ガロプラによる襲撃作戦が開始される。ガロプラはアフトクラトルからボーダーを足止めせよという命令を遂行するため、隊長のガトリンは遠征艇破壊を目標とした作戦を決行、ボーダー本部への侵入を目論む。エネドラから情報を手に入れていたボーダーは迎撃態勢を整えるが、本部を襲撃する人型トリオン兵たちとの基地攻防戦のなか、トリオン兵に化けていたガトリン、ラタリコフ、ウェン・ソーの本部基地内への侵入を許してしまう。遠征艇へ迫る侵入者の背後から、迫るB級隊員の那須と熊谷。そんな彼女たちの前にウェン・ソーが立ちはだかった。
そして基地の外、警戒区域ではA級隊員の三輪、米屋とガロプラ副隊長コスケロの戦闘がはじまろうとしていた――。