サバイバルの達人ジオは潜水艇（せんすいてい）オメガ号の操縦士（そうじゅうし）として、ケイとともにピピのおばあさんが住む島へ。ピピもちょうど遊びにきていた。おばあさんの家のすぐ前は海。温暖化による海面上昇（じょうしょう）で、島は少しずつしずんでいた。ジオは、探査船パラダイス号のエンジェル船長とともにオメガ号で深海へ。水深4500メートルの暗く静かな海底には、マンガンノジュールという資源が眠っていた。