ナッツハウスにあわてて逃げ込んできたのぞみと、それを追いかけて飛び込んできたりん。それは今度開かれるサンクルミエール学園の校内マラソン大会で、のぞみを完走させるため一緒に走ろうとりんが持ちかけたからでした。去年の大会では見事一位になり、今年も一位になって二連覇を目指すりんと、マラソンが苦手なのぞみの特訓はこうして始まりました。そしてフットサル部の練習に家の手伝いがあるりんは、朝早くからのぞみと一緒にマラソンの特訓を始めます。しかしがんばりすぎるりんを見て心配したみんなは、何か自分たちにも手伝えることがないかと考えました。

いよいよ実際のコースを走ることにするのぞみとりん。そこへ二人と一緒に走ろうと、うららに、こまち、かれん、さらにココとナッツまでやって来ました。ミルクも気持ちは一緒だとみんなを応援します。しかし今までにたまった疲れからゴール間近でりんが倒れてしまいます。ただでさえ忙しいのに何故のぞみのためにそこまでがんばるのかと聞かれたりん。それは小学校のとき、レース中に転んでしまいレースをあきらめかけたりんに、のぞみが手を差し伸べて一緒に走ってくれたからでした。その気持ちをのぞみに返したいというりんの気持ちを聞いて、のぞみはマラソン大会で絶対に完走することを誓います。

ついに始まったマラソン大会。お互いの健闘を祈って、それぞれの目標にがんばるのぞみとりん。しかしいつの間にか変な場所へとやって来てしまいます。それはプリキュア5を倒し、ドリームコレットを手に入れてナイトメアの幹部になろうとするガマオの罠でした。変身してガマオに挑むプリキュア5でしたが、マラソンで体力を消耗してしまい苦戦してしまいます。そんなプリキュアたちを見て、無駄なことで体力を消耗させてと笑うガマオ。しかし最後まであきらめないで目標に挑むことの大切さを知っているプリキュア5は、そんなガマオに対して怒りのパワーで圧倒するのでした。

一転して不利になったガマオは、ついに切り札の黒い仮面を使って巨大な怪物になりました。でも「私たちは絶対にあきらめない！」と必死で戦うプリキュア5を見て、ミルクも心を一つにします。そして最大の必殺技「プリキュアファイブエクスプロージョン」がガマオに炸裂するのでした。こうして戦いも終わってマラソン大会に戻るのぞみたち。一番最後になってしまいましたが、りんはみんなと一緒に最後まで走れたことが何よりもうれしかったとのぞみに言います。そんなりんの言葉にうれしくなるのぞみは、最後はみんなで競争しようとゴールを目指して全力疾走するのでした。