人間界に来て間もない頃、雨の日に音吉が小学校に傘を持って迎えに来てくれたことを思い出すアコ。アコは人間界に来てからずっと音吉と二人で暮らしていた。一方、響、奏、エレン、ハミィは音符がなくなってしまったのはノイズのせいではないかと考えていた。ノイズがすでに自分達の近くまで来ているのではないか、と一同はノイズを探そうと音楽に関わる場所を調べる。その頃、外では雨が強く降り始めていた。

雨が降りしきる中、小学校で音吉が来てくれるのを待っていたアコは、これまで音吉がアコに優しくしてくれたさまざまな場面を思い出し、奏太に話した。しかしそんな音吉が来ないということは、音吉になにかあったのではないかと言う奏太。その言葉にあわてて雨の中を飛び出してゆくアコ。一方、調べの館にやってきた響たちは、倒れてきたオルガンの木枠で怪我をしそうになる音吉を助ける。その近くにはピーちゃんの姿。それを見て、ピーちゃんがノイズなのではないかと思う音吉。

ピーちゃんがノイズかどうかを確かめるクレッシェンドトーン。しかしクレッシェンドトーンにはピーちゃんの心が読めなかった。だが一瞬悪の心が瞳に浮かんだのを目にした響は、パイプオルガンを弾き始める。するとその美しい音で、ピーちゃんは苦しんで動きがうまく取れなくなった。そこへやってきたアコに必死に甘えてごまかそうとするピーちゃんだったが、音吉の言葉を信じるアコはピーちゃんの嘘を見破るのだった。ついに邪悪な正体を現したノイズがファリーから音符を奪うと、現れたトリオ・ザ・マイナーがネガトーンを出現させる。

ノイズを完全復活させようともくろむトリオ・ザ・マイナーを前に響たち四人はプリキュアに変身！プリキュアは四人の決め技でネガトーンを倒す。しかしノイズやトリオ・ザ・マイナーはいつのまにかその場から消え去っていたのだった。やってきた奏太の話を聞いて、アコが自分を心配して調べの館に駆けつけたことを知る音吉。音吉は迎えに行けなかったことを謝りながら、アコと手をつないで家までの道をゆっくり歩いて帰るのだった。