プリキュアになった響と奏――キュアメロディとキュアリズムは、まったく息が合わないままネガトーンに攻撃をかわされてしまう。変身がとけ、元の姿になった二人の前でセイレーンたちはレコードもろとも音符をうばい去ってしまうのだった。敵にあっさりやられたことでまたケンカをはじめる響と奏。ハミィは二人をなだめつつ、幸福のメロディが書かれた伝説の楽譜が敵に奪われてしまったことや、セイレーンたちより早く音符を集めるためにもプリキュアである響と奏の力が必要なことを話す。ところが、奏は気の合わない響と一緒にプリキュアをやる自信がない、とその場を去ってしまう。

響と奏がなぜケンカばかりするのか不思議に思ったハミィは、その理由を響に問いただす。中学校の入学式の日、一緒に学校に入ろうと待ち合わせをしていた響と奏だったが、約束の場所で待っていても奏はあらわれず、響が一人さびしく学校に入ると、校庭でほかの友達と笑顔で登校する奏がいたというのだ。何か理由がある、と思うハミィだけれど、響は聞く耳を持たない。一方、その頃、セイレーンたちはメフィストに息の合わないプリキュアのことを報告していた。メフィストはセイレーンに、プリキュアは互いの心が一つにならないと変身できないことを教えるのだった。

お互いのことを考えて、なんとなく元気になれない響と奏。すると、響は中学校の校門前で友達を待つ女の子、ありさに出会う。入学式の時の響と同じ、校門から3つ目の桜の木の下で待ち合わせの約束したというありさ。そこへやってきた奏は、ありさを反対側の桜の木の下へと連れて行く。そこにはちゃんとありさの友達が待っていた。待ち合わせ場所を間違えたありさたちを見て、自分たちも入学式の日に待ち合わせ場所を間違えていたことに気付く響と奏。その時、現れたセイレーンとトリオ・ザ・マイナーが、二人をプリキュアに変身させないようキュアモジューレを奪おうとするのだった。

セイレーンの出したレコードのネガトーンは、悲しいメロディを響かせ、あたりにいる人々を悲しい気持ちにしてしまう。怒った響と奏は気持ちを一つにすると、プリキュアに変身！入学式のときの勘違いを認め合い、気持ちを通わせてゆくメロディとリズム。ぴったりと息のあった動きでネガトーンを追いつめると、見事大切なレコードを取り戻し、ハミィは音符を手に入れた。入学式での誤解がとけ、照れながらも謝りあう響と奏。二人はハミィにこれからも一緒にプリキュアをやっていくことを伝えるのだった。