ノーブル学園の2学期が始まりました。プリンセスレッスンも始まって、はるかたちはフラワーアレンジメントを習います。ドレスアップキーも12個になり良いことばかりですが、浄化したロックが妖精だったことにみんなは少なからずショックを受けていました。

気分を変えて草むしりするはるかは、クラスメイトの小森はなえとお花の話題で盛り上がりました。はるかと話して、フラワーコーディネイターを夢見るようになるはなえ。そんなはなえにお花を見てもらおうと戻ったはるかの前を、怪しいカラスが立ちふさがります。

カラスの正体はよみがえったクローズでした。はるかたちはプリキュアに変身して挑みますが、以前より強くなったクローズにかないません。余裕のクローズは新たな幹部ストップとフリーズを呼び寄せました。二人ははなえの夢を閉じ込めゼツボーグを生み出します。

プリンセスパレスの力を使った合体技でゼツボーグを浄化するプリンセスプリキュア。でも、クローズたちは不穏なことを言って去って行きました。そして、行き場をなくしたシャットの前に現れたクローズは、ロックが残した絶望をディスピアに捧げます。ディスピアに絶望の種をまいたと言うクローズ。はたして何が起ころうとしているのでしょうか？