この海域で多発する子供の誘拐事件。だが、それはスモーカーには海難事故などとして報告されていた。 親たちの通報がすり替えられたと推測するたしぎだが、確証がないため断定できない。 スモーカーは子供たちの数から実際に誘拐はあり、事件のすり替えはG－5の内部で起こったと断言した。 それを聞いて海兵たちは詰め寄るが、思い込めば敵を見逃す、見てくれに騙されるなと叱責する。 そして、一部の海兵に船を奪って本部へ報せるように命令、スモーカーは奪われた心臓と身体を取り返し、島の黒幕を暴くことを決意する。

元ベガパンク第3研究所では、マスターがルフィたちを始め、狐火の錦えもん、スモーカーたち海兵を実験材料にすると豪語していた。 何が起きてもジョーカーが事故としてもみ消すからだ。 そこへ傷ついたケンタウロスが飛び込んできた。 マスターはボスの茶ひげを案じるケンタウロスをねぎらうと、別室で治療を受けろと勧める。 一方、ルフィに捕えられた茶ひげは、ルフィやルーキーたちの悪態をつきながら、ここにかつてベガパンクの第1、第2研究所があり、そこで囚人たちを使った実験が行われていたことを明かしていた。

一味は壊滅し、足を失いながらもこの島に流れ着いた茶ひげ。 だが、研究所は実験の失敗で汚染され、政府は囚人を置き去りにして島を封鎖していた。 残された囚人たちは残った第3研究所に逃げ込むが、神経ガスで下半身が不自由になってしまう。 その約1年後、訪れたマスターは島のガスを浄化し、囚人たちに科学の足を授け部下とした。 その慈悲深さにもらい泣きをするフランキー、チョッパー。 茶ひげはベガパンクが悪魔ならマスターは救世主だと賞賛、第二の救世主と呼ぶローもまた、能力で生きた動物の足をくれたという。

そのころ、研究所では治療していたはずのケンタウロスに異変が起こっていた。 マスターは助けを求める声に耳を貸さず、その様子を冷静に観察、苦しむさまを問い質し記録すると実験を終了する。 一方、スモーカーは実際に兵器を作ったのはベガパンクではなく、部下であるシーザー・クラウンであり、事故の際に捕まるが能力を使い脱走したことを海兵たちに教える。 そして、もしも研究を続けているのなら、止めないととんでもないことになると話す。 そのころ、モネから実験は失敗かと言われ、シーザーは反論し、世界一の科学者はベガパンクではなく、自分であることを思い知らせると高笑いしていた。