『そのときの僕はまだ知らなかったんだ。
あの沖縄の海で数えられないほど新しい経験をするってこと……』
夏休み、沖縄に住む従兄弟のカイの家に遊びに行くことになったタカト。初めての沖縄。会ったこともない親戚たち。最初はあまり乗り気じゃなかったタカトだが、豊かな自然に触れるうちに心を開き、カイとも少しずつ打ち解けていく。
だがそんな平和な夏休みを次第に不気味な影がおおい始める。東京のルキの前に現れた凶悪なデジモンたち。沖縄の海にもサメ型のデジモンが出現。そしてデジモンに追われていた少女・美波を助けたタカトは大人気のデジタルペット「Ｖペット」をめぐる陰謀に巻き込まれていくことに……。
次々と起こる異変の謎を解くために沖縄に集結するタカト、リー、ルキ。３人の前に立ちはだかる敵の恐るべき正体とは！？ 沖縄の大自然を舞台に、まだ誰も見たことのない壮絶なバトルが始まる……！！