音を失い静まり返ったメイジャーランド。唯一残った響、奏、エレン、アコ、そしてハミィとフェアリートーンの前に最後の決着をつけようとやってくるノイズ。ノイズはプリキュアを倒し、全ての音を消し去った理想の世界を作り上げると言う。ノイズは一体何者なのかと問う響に、自分は人々の悲しみから生まれたと答えるノイズ。人々の悲しみが消えない限り自分という存在も永遠に消えることはないと言うノイズの言葉に、響はノイズ自身が本当は悲しんでいることに気づく。

ハミィもまたノイズが悲しんでいることに気づくと、伝説の楽譜を手にノイズの体の中に自分から吸い込まれてゆく。ノイズの体の中に入ったハミィはノイズの心に語りかけるように美しい歌をうたいはじめる。悲しい気持ちは、楽しく歌をうたうことで乗り越えることができる、と。その歌声にノイズの中にいた音符たちが変化をし始める。そしてハミィの歌声を聴いた響たちもノイズの悲しみの心と戦おうとプリキュアに変身！ メロディはノイズを倒すのではなく、悲しみから助けてみせると顔を上げるのだった。

ノイズは心も体も全て悲しみからできている自分を助けることなどできないと言う。しかしメロディたちは悲しい気持ちは乗り越えることができるという思いを伝えながら必死にノイズに立ち向かってゆく。ノイズの声も、羽ばたく音も、全て音楽となってみんなが奏でる組曲の一部になっていると言うプリキュア。しかし、音楽は人を笑顔にしてくれる、笑顔は幸せをくれるものだというプリキュアの気持ちを受け入れることができないノイズ。

メロディたちの思いを受けて、フェアリートーンたちが集まりクレッシェンドトーンとなると、メロディ、リズム、ビート、ミューズがクレッシェンドメロディ、クレッシェンドリズム、クレッシェンドビート、クレシェンドミューズに更なる変身をとげる。4人の合わせ技をぶつけ、ノイズが消えそうになるその瞬間、ノイズの手をとるプリキュアたち。みんなの笑顔を守るプリキュアはノイズの笑顔もまた守ったのだった。しかし戦いを終えたメロディは、浄化されたノイズとともにハミィが姿を消してしまったことに気づくのだった。