自分の娘であるアコがキュアミューズだと知ったメフィストは、マイナーランドに戻るとなぜ自分がマイナーランドの王になったのかを思い出そうとしていた。その頃、調べの館では響、奏、エレン、ハミィがアコを囲んで話を聞いていた。アコはメフィストの娘であり、アフロディテの娘。つまりメフィストは元々メイジャーランドの国王であり、アコはメイジャーランドのお姫様だったのだ。しかしある日、魔響の森にヒーリングチェストを取りに行ったメフィストは悪の心にとりつかれてしまい、悲しい音楽の国マイナーランドを作ってしまったのだ。

メフィストが悪となってしまい、アコはおじいさんである音吉の元に身を隠すために人間界に来た。そんなアコがプリキュアになったのは響や奏と同じメイジャーランドの大音楽会の日。しかしパパにもママにも正体を知られないようにと仮面をつけていたミューズは、いつかメフィストが目を覚ましてくれると信じてネガトーンと戦っていたのだった。そんなアコにきっと思いはメフィストに届いたはずだと励ます響たち。その頃、耳についたヘッドフォンから強烈なノイズが鳴り響き、これまでのことを思い出そうとしていたメフィストは再び悪の心に染められてしまうのだった。

キュアミューズを滅ぼそうと再び加音町に降り立ったメフィスト。響、奏、エレンはプリキュアに変身、三人のハーモニーパワーでメフィストに対抗するが、メフィストはあっさりとその攻撃を跳ね返してしまう。その様子をメイジャーランドから見ていたアフロディテは人間界に降り立ちメフィストの前に姿を現す。メフィストとアフロディテの戦いが始まるというその時、アコが立ち上がりキュアミューズに変身！ メフィストに目を覚ましてほしいと必死に語りかけるミューズ。しかし悪の心にとりつかれたままのメフィストにミューズの声は届かないのだった。

メフィストを前に次第に戦う気持ちが弱くなってしまうミューズ。そんなミューズにメフィストの心に叫ぶように言うメロディ。するとミューズはメフィストの胸に飛び込みあふれ出る気持ちを伝える。そんなミューズの姿に昔の思い出をよみがえらせるメフィストだったが再びヘッドフォンのノイズがメフィストを襲う。しかしメフィストにミューズのこん身のパンチが命中すると、メフィストの心に家族三人の笑顔の思い出がはっきりとよみがえった。ついに悪の心から抜け出したメフィストはアフロディテとミューズと涙を流して抱き合う。その様子を見ていたファルセットは「不幸のメロディを完成させてノイズ様を復活させる」と宣言するのだった。