虫取りの子供達に混じって音符探しをする響、奏、エレン、ハミィ。小学生たちが学校がはじまる話をしているのを聞いたエレンは、響や奏ももうすぐ夏休みが終わってしまうことを知る。夏休みが終わるのはたしかにさみしいが、学校が始まるのも楽しみだと言う響と奏の様子を見て、エレンは「私も学校に行きたい」と言うのだった。なんとか同じ中学校に入れるようにしたいと考える響と奏。すると翌日、音吉のおかげで中学校に行けることになったと言うエレン。しかし中学校がどんなところだかわからないと不安がるエレンに、奏がリハーサルをしようと言い出すのだった。

トリオ・ザ・マイナーは前に横取りした音符を取り戻しに来るであろうプリキュアを捕らえる作戦を考えていた。しかし、ドリーたちがバリトンに音符をとられてしまったことを知らない響たちは、エレンのために中学校についてあれこれと教えていた。その頃、フェアリートーンたちは自分達だけで取られた音符を取り戻そうとして、トリオ・ザ・マイナーが公園に仕掛けた罠にかかってしまう。しかし連携プレーでトリオたちからなんとか逃れるフェアリートーンたち。そんなことが起きているとは知らない響たちは、明日から始まる中学校に緊張するエレンを励ますのだった。

翌日、響、奏とともに中学校に向かったエレンは、クラスメートの前で自己紹介を披露。しかし前日の練習でハミィがしていた自己紹介を真似たエレンのはちゃめちゃな自己紹介にオロオロする響と奏。休み時間、クラスメートたちの質問に一生懸命答えていたエレンだったが、緊張のあまり前の日にほとんど眠れなかったために、みんなへの挨拶の途中で目を回してしまう。保健室で目覚めたエレンが、ちゃんと挨拶できなかったことに落ち込むのを励ます響と奏。すると、エレンを心配したクラスメートたちが保健室に集まってくる。みんなに改めて挨拶をしたエレンはクラスメートから笑顔で迎えられるのだった。

その様子を見ていたトリオ・ザ・マイナーは保健室の薬箱をネガトーンにしてしまう。プリキュアに変身する響、奏、エレンは次々と繰り出されるネガトーンの攻撃に苦戦。三人は決め技を出そうとするが、弱っていたフェアリートーンたちはベルティエに入る前に倒れてしまう。そこへ現れたミューズの助けでなんとかネガトーンを撃退するメロディたち。音符を回収したハミィがドリーを覗き込み、ようやくドリーたちがトリオ・ザ・マイナーに音符を奪われてしまったことを知る一同。すると、どこからか聞こえるクレッシェンドトーンの声が「メイジャーランドに来なさい」とメロディに伝えるのだった。