一人、町をさまようエレンは、マイナーランドにも人間界にも自分の居場所はどこにもないと感じていた。そんなエレンを見つけてやってくる響、奏とハミィ。同じプリキュアとして仲良くしようと言う響と奏に「私はプリキュアになる資格がない」と言いはるエレン。その頃、セイレーンが完全に敵だと判断したトリオ・ザ・マイナーはキュアビートを倒そうと意気込んでいた。一人、行くところのないエレンは調べの館にやって来る。と、そこへ大きなカバンを手にした少年マモルがやってくるのだった。

マモルが持っていたのはお医者さんであるお父さんの仕事用のカバンだった。やってきた響と奏が問いただすと、マモルは仕事のために一年間家をはなれてしまうというお父さんに怒り、カバンを持ってきてしまったというのだ。たとえ一年間お父さんと会えなくても心がつながっていれば大丈夫、という響と奏だが、「誰だって人は結局一人ぼっちだ」と言うエレン。それは今のエレンの気持ちでもあった。しかし正直な気持ちをきちんとお父さんに伝えるべきだ、と言う響と奏はマモルのお父さんを探しにいく。その場に残ったエレンは、マモルがお父さんに会いたくないのだろうと思いマモルを町へと連れ出すのだった。

響と奏がマモルのお父さんを見つけた頃、エレンと一緒にいたマモルは持っていたカバンの中に人形を見つける。そこにはマモルのことを思ってお父さんが手作りした人形だった。人形を見つめるマモルの様子に、誰だって一人なんて間違ってる、と言う響と奏の言葉を思い出すエレン。エレンはマモルから、パパに会いたい、という気持ちを聞くと、一緒に調べの館へと戻るのだった。無事、お父さんと気持ちを通じ合わせることができたマモル。すると、そこへ現れたトリオ・ザ・マイナーが人形をネガトーンにしてしまうのだった。

響と奏がプリキュアに変身する中、マモルの悲しむ姿を見て自分がこれまでやってきたことに心を痛めるエレン。しかし、メロディとリズムが友情、愛情、信じる心を守るために必死に戦う姿を見て、自分もそうありたいとキュアビートに変身するエレン。エレンの決め技でネガトーンを倒し、無事人形を取り戻した。お父さんを見送るマモルの姿を見て涙を流すエレンは、その手をつないでくれた響、奏、そして肩によりそうハミィを見て、ハミィや響、奏と心と心でつながりたい、という素直な気持ちを海に向かって叫ぶのだった。