はじめ、美雪、剣持はひょんな事から不動高校と開桜学院の囲碁部の対抗合宿に参加していた。合宿2日目の朝、開桜学院1年の星桂馬が血溜の言い伝えになぞらえられ、遺体となって発見された。遺体が置かれた血溜之間ははじめが5分前に覗いた時には変わりなかったため、犯人はこの5分の間に遺体を血溜之間に運んだと考えられた。容疑者は不動高校の囲碁部部長の小角由香里、1年の海峰学、開桜学院囲碁部顧問の岡目秀策、3年の三ツ石勲、2年の天元花織の5人。
三ツ石はこの日、星との対局を控えていた海峰が星に負けるのを恐れて殺害したのではと疑う。はじめと剣持が長い廊下を走っている間に、海峰は庭を通って物置に隠していた遺体を出して血溜之間に置いた。そして、その後、何食わぬ顔で碁石の入った碁笥を持って再び血溜之間に現れた。それなら1分半あれば間に合うはず。だが、海峰は自分は池に沈んでいる碁石を集めた後で合流しているのだから、そんな時間はないと訴える。実際に、はじめが碁石を白黒分けて碁笥に入れ検証してみると、海峰の言う通りで、遺体を運び出す余裕はなさそうだった。
一方の三ツ石は風呂場に行ったら管理人が掃除しており、風呂場の扉の管理人の指紋の上に自分の指紋がついているはずと自らのアリバイを主張。天元もまた自分の部屋に着替えに行き、制服に着替えるのに約3、4分はかかるため、犯行は不可能と訴える。美雪を部屋まで迎えに行った由香里、公衆電話から星の自宅に電話していたと言う岡目の二人も調べてみるとアリバイが確かに成立した。
容疑者5人全員にアリバイが成立する状況。一体、犯人はどんな手を使ったのか？
推理を巡らせるはじめ。そこに、星のズボンの尻ポケットに何十個もの白と黒の碁石が入っていたと報告が入る。碁石は白が52個、黒が36個。星は殺害される前、物置で後ろ手に縛られていた。はじめはこの碁石が星のダイイングメッセージではないかと考え始める。