ある日、工藤タイキに謎のメロディが聞こえてくる。それは今にも死に絶えそうな誰かの息づかいと、助けを呼ぶ声。
「俺には……放っとけない!」
思わずそう答えたタイキに声の主・シャウトモンの心が反応した時、謎のデバイス・デジモンクロスローダーが現れた!消え入りそうなシャウトモンのメロディがクロスローダーに吸収され、タイキは見知らぬ世界へと引きずり込まれてしまう……!
異世界へとやってきたタイキが目にしたのは、デジタルワールドのモンスター・デジモンたちが戦う姿。デジタルワールドでは、その覇権を狙ってバグラ帝国が破竹の進撃を続けており、平和なシャウトモンたちの里は今まさにバグラ軍の総攻撃にさらされていた。怪力のバリスタモンが健闘しているが、圧倒的に不利のようだ。そこへタイキのクロスローダーの中から復活し、その姿を現すモンスター……それがシャウトモンだった!
里の仲間たちとともに、必死に戦うシャウトモン。だが、バグラ帝国のデジモンは強力で、絶体絶命の窮地に追い込まれてしまう。ピンチを見かねたタイキは、とっさにシャウトモンをかばう。
その時、クロスローダーが反応!シャウトモンとバリスタモンがタイキの指揮により、合体する!!
「これは…デジクロス!」
それはデジタルワールドでも特別な合体「デジクロス」が起きた瞬間だった!!
新たな力を得てバグラ軍をしりぞけた、タイキとシャウトモンたち。そんな彼らを、蒼沼キリハと彼の率いるグレイモンたち、そして謎の美少女天野ネネが見つめていた……。
タイキとシャウトモンは強大なバグラ帝国に挑む中で、ドルルモンなど多くの心強い仲間を得ていく。
戦い進むタイキが望むのはデジタルワールドの王者か?平和への帰還か?
いま、デジタルワールドで、想像を絶する大戦が始まる!!