デジタルワールドで起こった戦いは、力を合わせた人間とデジモンたちの勝利で終わった。その戦いから1年後……。
ストリートバスケチーム「クロスハート」のメンバー・明石タギルは、尊敬する先輩・工藤タイキとクラスメイトの天野ユウを追い抜き、いつかチームのトップスターになることを目指していた。
だが、平和な日々を過ごすタイキの前に、突如として謎の少年たちが現れる。
少年たちは「これから街で起こることに関わるな」という意味深な警告を残して立ち去って行く……。

街で起きつつある異変を知るよしもないタギルは、ある日ゲームセンターを訪れる。
そこでタギルは時間の流れがおかしくなってしまったかのような奇妙な現象を目撃する。さらに周囲でうごめく何者かの気配が……。
傷ついた誰かの声を聞いたタギルは、空間の歪みから「デジクオーツ」に入りこんでしまう。
そこは現実世界とは異なる速さで時間が流れる世界。
デジクオーツの中でタギルが見たのは3人の少年少女が、デジモンと呼ばれるモンスターを狩る姿だった。彼らこそタイキに警告をしに現れた謎の少年たち、リョウマ、レン、アイルの3人だった。

ゲームセンターで話しかけてきた声の主・ガムドラモンと出会ったタギルはリョウマたちにハントされそうになっていたガムドラモンを助ける。
タギルはガムドラモンとすぐに意気投合、デジモンハントに参加することを決意する。
デジモンハンター達の噂となっている街外れの時計屋を訪ねたタギルは、怪しげな時計屋の親父からなんとかクロスローダーを受け取るのだった。

デジクオーツへとやって来たタギルはメタルティラノモンと遭遇。
さっそくデジモンハントを試みるものの、メタルティラノモンの反撃に合いタギルとガムドラモンは大ピンチ。
その時、輝き始めたクロスローダーによりガムドラモンはアレスタードラモンへと超進化!
圧倒的な力でメタルティラノモンを倒し、タギルたちは初めてのハントを成功させるのだった。

少年ハンターたちが、人間世界に次々と現れるデジモンをハントしていく、タイキ・タギル・ユウたちの新たな冒険が始まる!!