太一たちの冒険から３年後……。 　平和を取り戻したデジタルワールドに新たな敵が現れた。その名はデジモンカイザー！　デジタルワールドの征服と全デジモンの支配をたくらむカイザーにアグモンたちは必死に立ち向かうが、謎の力で進化を封じられて絶体絶命の危機を迎えてしまう。 　はたしてデジタルワールドは、このままカイザーの魔の手に落ちてしまうのだろうか？　カイザーの野望を打ち砕くため、今こそ新たなる「選ばれし子供たち」の戦いが始まる！！ 「これはゲームなんだよ。僕は遊び心のわからない無粋なヤツは大嫌いだ……消去してやる……！」