真宝の弾丸でゴードを討つ作戦は失敗に終わった。しかし、ハガンは自ら真宝の弾丸となって再びゴードに挑む！
光には闇。そう考えたハガンは、頭上に輝く黒い太陽の闇をドリルに纏い、ゴードへと立ち向かう。
特異点同士だからこそなしえる戦い方で、強引にダメージを与えるハガン。
更にディアスに後押しされたキバマルも加わり、遂に二人は宙に浮かぶゴードを大地に叩きつけた！……だが！？

ミコトが持っていたイソウェルの剣に三大素の女神の力を宿し、真宝の弾丸として光と化したゴードの力の集点を貫く！
このソフィアの作戦は、力の集点を見極める事ができるハガンに全てかかっていた。 キバマルたちは、ゴードのもとへハガンを運ぶために突き進む。
しかし、キバマルはマチから授かった力をコントロールできずにいて、孤立させられたハガンの前にはゼルガドが立ちはだかった！

闇の力を蓄えていたゴードが、繭から光の姿で現れた！　神の姿にも似たゴードは、自らの理想を求め、世界の消去を始める。
一方、マチの救出に力を使い果たした一同は、テルールからエルアに一時撤退。
ディアスの言葉によってゴードの歪んだ理想を知る。
レトロンの悲劇を繰り返してはならないと打つ手を見いだそうとするハガンたち。そのさなか消耗したマチが目を醒まし、キバマルに力を託す！

ソフィア率いるキバマルたちは、マチを救う為にテルールへ侵攻する。しかし、そこに立ちはだかったのは、闇に染まったマチ本人であった。
クララ＆ソフィアVSマチの激しい戦いの最中、キバマルたちはゴード城の奥深くへと潜入する。キバマルたちの目的はマチのカードであった。
だが、マチのカードを手中にした時、キバマルが窮地に陥る。そのキバマルを救ったのは、力を無くしたはずのハガンだった！

自分の無力さにさいなまれ、見知らぬ世界で独りさまようハガンは、妙な卵を見つけた。卵から孵った「ペホー」と鳴く妙な生物。このペホーにまとわりつかれたハガンは、独りで落ち込みたくてもその暇が無い。
根負けして仕方なくペホーの世話をするハガンだが、突然ペホーが熱を出して倒れてしまった。
万能薬となる水晶を求めてダンジョンに飛び込むハガン。
たが、力を失ったハガンの前にキングモンスターが立ちはだかる！

クララの闇の浄化に成功したハガン。だが、その代償に女神の雫の力を失ってしまった。
そんなハガンに対しソフィアは無情にもクビを宣告する。
「俺はまだ戦える！」と必死になるハガンにキバマルたちも同調するが、闇に染まったマチ率いるゴード軍の襲撃に足手まといにしかならなかった。
ハガンは自分の無力を痛感する……。

ついに三柱目の女神ソフィアが復活した！しかし、ソフィアは「ハガンにはゴードを倒せない」と宣言してハガンを追い詰める。
いきどおるハガンだったが、マチが現れハガンを弁護。そして、そこにクララもが現れ、三大素の女神同士の戦いが繰り広げられる！
闇に染まりきったクララを滅ばすへきだというソフィアとあくまでもクララを助けると主張するマチ！ハガンはこの戦いに介入できるのか！？

女神ソフィアの神殿に辿り着いたハガンは、女神のカードを手に入れる！しかし、ヒルデにそのカードを奪われてしまった。
戦いを挑むハガンたちだったが、黒い太陽から闇の力を借りてパワーアップしたヒルデに完全に叩きのめされてしまう。
闇に浸食されて消えゆく運命にある「鋼鉄都市レトロン」に残された時間は後わずか！ハガンは女神のカードを取り戻す事が出来るのか！？

女神ソフィアの神殿を探して「鋼鉄都市レトロン」をさまようハガンたち。
ハガンはアリソンと二人きりになった所で、幽玄兵ゼルガドの強襲を受けた。
圧倒的な強さのゼルガドに追い詰められたハガンは、地中に活を見いだそうと穴を掘る！……が、 床そのものが崩落してしまい、ゼルガド共々ハガンも下の階層へと落ちてしまった。
二人が落ちた先は野生のキングモンスターの巣窟！アリソンもハガンを助けるために後を追うが、たちまちキングモンスターの攻撃に遭う！だが、絶体絶命のアリソンを庇ったのはゼルガドだった！?

女神ソフィアのカードを求めてハガンたちが訪れた世界は、
「鋼鉄都市レトロン」。
かつて科学の力で発展を遂げたと思われるレトロンは既に朽ち果て、今では黒い太陽が頭上を覆い、闇の力がレトロンをじわじわと消し去ろうとしていた。
全てが鋼鉄に覆われた土の無いレトロンでは、いつもの調子が出せずに気落ちするハガン。
そんなハガンが出会った人物は、この鋼鉄都市に唯一残った少女アリソンだった。
アリソンは、花が咲く事のないこの土地に花を咲かせる研究をしていた。
それは一体何の為なのか！？

襲ってきたキングモンスターを追撃したフェイリン。ハガンたちのもとへ戻ってきてからどうも様子がおかしい。
夕食を自分の部屋で食べると言い出すフェイリンだったが、こっそり宿屋を抜け出して行く。
フェイリンの後を追ったハガンたちが見たのは、傷ついたキングモンスターを癒やし世話をするフェイリンの姿だった…！？

真宝門と真宝門の狭間の空間で、ハガンはハンターカードを見つけた。
早速封印を解くと「時の番人サラ」と名乗るハンターが現れ、ハガンたちと共に1000年の時を遡る。
そこには、ゴード率いる闇の軍団に抗うミコトたちがいた。突然戦いの場に放り出され驚くハガンたち。
しかし、1000年前の出来事に触れる事は出来ず、ゴードはハガンたちをすり抜けてゆく。
まるで幽霊になったかの様に1000年前の出来事を眺めるハガン。だが、ミコトは、見えないはずのハガンを見つめていた！

真宝門をくぐり抜け、落っこちた先で巨大グモの巣に絡め取られていたハガンたちを助けた者がいた。
彼こそは、かつてのナガレの相棒「烈火の獣将カイ」。
ナガレは、昔の自分のミスによってカイが命を落としたと思い込んでいたため、再会の感激もひとしお。
そんなナガレを前に喜びを分かち合うハガンたち。
だが、カイは、ナガレと別れてから1000年の時間が過ぎている事を分かっていなかった。
一体カイの身の上に何が起きているのか？

ディアスに捕らわれたキバマルを助ける為に、決意を固め作戦を練るハガンたち。
ハガンの地脈を読む力を使い、闇の基地の地盤を崩して救出のチャンスを作りだそうとする。
しかし、その作戦の要である最後の地脈のツボがどうしても解らない。
流石に時間に余裕が無くなったハガンたちは、作戦の条件が揃わないまま攻撃を仕掛ける事になった。
だが、ゼルガド、ディアスも隙は与えず、真っ向からこれを迎え撃つ。
ハガンたちは、キバマルを無事救い出す事が出来るのか！？

『螺旋の迷宮』の地下通路を進むハガンたちは、ゴード軍が女神の神殿を改築した前線基地に辿り着いた。
そこで行われていたのは、”キングモンスターのカード化”。
この地の人間を操り、使い切りのキングモンスターのカードを装備させてカード探索の兵隊にするプラーの計画は、
蒼い炎を操るハンター・ディアスなる人物にて着々と進行していた。
当然、見過ごす事が出来ないハガンたちは、マチ、クララ、ゼルガド、ヒルデを巻き込み大戦を繰り広げる！

キングエクストラバナナを買えるだけ買ってしまったハガン。
旅費がスッカラカンになってしまった一行は、お宝を目指し『螺旋の迷宮』に挑む。
そこでハガンは一枚のカード手に入れ封印を解いた。現れたハンターは、ハガンと真逆の考えを持つ神風カシム。
カシムとソリが合わないハガンは袂を分かつが、楽しみにしていたキングエクストラバナナが盗まれていた！
カシムを追うハガンは、『螺旋の迷宮』に眠る伝説のお宝を目指すカシムの行動に不承不承つきあう事になる！？

荒野を進む道中フェイリンの様子がおかしい。どうもこの先に進みたくない様子だ。 事情を説明する前に結界を踏んだハガンたちは見知らぬ空間に放り込まれた。
そこは、かつてフェイリンが学んでいた真宝学校。
1000年後の今も変わらぬ学舎の様子に懐かしいフェイリンだったが、
どこか浮かない。
実は、フェイリンは卒業試験に合格すること無くこの学校を飛び出していた。
そんなフェイリンの前に封印された校長・ラインハルトのカードを目的に、かつての卒業生ヒルデが現れた！

顔にくっつけられたキノピーに我を忘れてパニックとなったキバマルは、一人あらぬ方向に走り去ってしまった。
キバマルのキノピー嫌いを目の当たりにしたハガンたちはキバマルを追いかけるうちにキノピーの里を見つけた。
里の中で固まったキバマルを発見するが、キノピーの里を守るハンター、マシューとマシュネの兄妹に敵対心を向けられる。
それというのも最近キノピーたちがさらわれる事件が多発しているのだという。
なんとか誤解を解いたハガンたちは、マシューたちに事件解決を申し出るが、一人キバマルが協力を断ると言い出した！？

最後の女神ソフィアを探す為、荒野の世界へと来たハガン一行は、ワイルドと名乗るハンターと出会う。
ワイルドの強さを垣間見たハガンは、ワイルドに弟子入りを頼むがあっさりと断られた。
女神同士の凄まじい戦いを見たハガンは強くなる必要を感じ焦っていたのだ。
キバマルに稽古を付けて貰うが、ハガンは、地味な基礎訓練に耐えられずキバマルとケンカをしてしまう。
そんなハガンに「立ち止まることも必要だ」と諭すワイルド。
釈然としないハガンは、キバマルたち仲間をことごとく蹴散らしていくゼルガドと邂逅する！

火属性最強と謳われる二人目の女神・マチのカードを開放したハガン。 しかし、1000年ぶりの復活に気分がのらない女神マチは、ハガンたちに自分のテンションを上げろと無茶な命令を下す。

傍若無人なマチにパシリとして扱われ、我が儘に振り回されるハガンたち。だが、そんなマチの目前に闇に染まったクララが立ちはだかる！

慈愛の女神として人々に敬われていた月天使クララ。そのクララがゴードに捕らわれた今、 ハガンたちは自分たちに出来る事???すなわち残る二人の女神を探す決意する。
意外にもその手がかりを示したのはナガレであった。

神殿から運ばれた女神像があるという郷土資料館に向かう一行は、森から逃げ出すキノピーの群れに出くわす。

不審に思ったハガンたちがキノピーの住み処を覗くと、湖上に立つ月天使クララがハガンたちを待ち受けていた！

ゴードの野望を阻止するカギとなる３女神の復活を目論むハガンたちは、アゲハ神姫マチの神殿を目指す。
だが、そこには古びた神殿を改装して作られた「魅惑の殿堂パリウッド」なるド派手な建物が待ち受けていた！ 愕然とするハガンたちが耳にしたのは女性の悲鳴。か弱き乙女を助けようとするハガンたち。

その目前に現れたのは、1000年の眠りから蘇ったイケメンハンター・ナガレ。

この男、ゴードとは全く縁はないものの、計り知れないヘンな性格のハンターだった!

パーンの真宝力により、テルールから脱出し別の世界へとやってきたハガンとキバマル。
そこは湯の郷の入り口だった。ハテナマークが浮かぶハガン達の肩に馴れ馴れしく手をかけて、 エスコートする少女フェイリンによって二人は、温泉宿「湯楽」へと招かれる。

そこは、ハンター禁止のこの時代、カードから蘇ったハンターたちがひっそりと営む温泉宿！

しかしこの二人、１ベルたりともお金を持っていなかった！？

テルール。そこは、ドリランド世界の中央にあるという「黒い太陽」が照らす真宝王ゴードが支配する世界。
ヒルデに捕まったハガン、キバマルはゴード城の玉座まで運ばれる。
全てのハンターカードを自らの糧とするゴードは、キバマルのカードを捕食しようとするが、ハガンの機転で拘束を解き辛くも逃げ出す！

その際ゴードの鎧の一部を砕いた二人はゴードの本来の姿を目撃する！

ゴード城を逃げ惑う二人、その前に立ちはだかったのはゴードの懐刀である幽玄兵ゼルガドだった！

カードとなったハンター・キバマルを1000年の封印から復活させたハガンは、
真宝門に消えたハルカを必死で探すが発見することは叶わなかった。
そんな二人の前に現れたのは、唯一人1000年を生きてきたハンター・パーンだった。

パーンは　1000年の間に起きた事件やハンターカードの謎を語る。

パーンの導きで二人はハガンの元居た世界へと帰還するが、

ミコト姫の冒険からおよそ1000年後。
ドリランドからハンターが姿を消し、タブー視される様になった今の時代、ハンターに憧れる少年ハガン。　　　
家に代々伝わるドリルソードを発見したハガンは、次元の扉「真宝門（まほうもん）」を開けてしまい、ドリランドの別のワールドへと訪れてしまう。　　

モンスターがはびこる月天使クララの神殿で、ハガンは現代のハンターと名乗る少女ハルカと運命の出会いを遂げた！